Fuentes Claras está repleto de manantiales de agua que brotan voluntariamente de sus suelos. Los principales son los representados en las seis raíces de la olma que figura en el escudo y bandera: los Cuadrones, Ampón, Esteban, Fuente del pueblo (La Fuente), El Cubo y Fuente de la Virgen de los Navarros. También existen otras fuentes como el caño Mana, Hondoneras, Cantalobos o la del Escorial, de agua caliente y salada, de la cual se dice que tiene propiedades curativas.
El flujo subterráneo que emerge en Fuentes Claras es templado (debe enfriarse en el tramo final de las salida del agua subterránea en el relleno pliocuaternario de la cuenca) y tiene unas características hidroquímicas que podían haber dado lugar a algún uso como agua » medicinal «, siquiera de carácter popular, pero no se tiene conocimiento de que haya sido nunca objeto de un tal aprovechamiento.
Las distintas formaciones acuíferas se disponen subhorizontalmente con distinta presencia y distribución a lo largo de la Fosa del Jiloca, tanto en sentido longitudinal, como transversal.
La descarga de Fuentes Claras, y el resto de la surgencia vertical ascendente hacia el río Jiloca, tiene un régimen sensiblemente constante debido a que, en condiciones naturales, las oscilaciones estacionales de la recarga están amortiguadas por la inercia.
- Fuente Ampón: está situada sobre el relleno aluvial del Jiloca. La surgencia no tiene acondicionamiento y la descarga se incorpora directamente a una acequia que transporta los retornos de riegos y conduce el agua hasta el río Jiloca.
- Fuente del Cubo: está situada sobre la toba calcárea, en la margen derecha del río Jiloca, en el borde norte de
Fuentes Claras. La descarga forma una charca en cuya salida el agua es recogida por una acequia de obra que la conduce hasta un lavadero público, desde el que se incorpora a otra acequia que descarga en el río Jiloca. - Fuente de los Cuadrones: está situado también sobre la toba calcárea, en la margen derecha del río Jiloca, en
las afueras de Fuentes Claras, al sureste del núcleo y a unos 250 m de la carretera N-234. El agua emerge en varios puntos y da origen a una acequia en cauce natural que desemboca en el río Jiloca. La cabecera de la acequia es utilizada como abrevadero de ganado.
