De los restos más antiguos que tenemos en el actual término municipal de Fuentes Claras, destaca el yacimiento arqueológico de La Loma. Situado junto al límite municipal con El Poyo del Cid, se fundó con el abandono del yacimiento de San Esteban en el Poyo del Cid. En superficie no se conservan estructuras, aunque los restos aflorados han sido cuantiosos. Destaca un sillar esculpido con una cabeza de toro (Museo de Teruel) y una tésera de hospitalidad, aparecida supuestamente en el término municipal.
La primera referencia sobre Fuentes Claras pertenece a un documento del Monasterio de Casbas en 1209.
La creación del núcleo de Fuentes Claras se enmarca en el proceso de reconquista, en el avance de las tropas cristianas hacia el sur. Pero los reyes de Aragón no sólo tuvieron que enfrentarse a los musulmanes, sino que la guerra con Castilla estuvo presente durante la edad Media. De esta forma, Jaime II ordena la construcción de la Ciudadela de Fuentes Claras en el año 1337. La zona del Jiloca en la que se encuentra Fuentes Claras fue atacada durante la guerra llamada de «los dos Pedros» entre 1356 y 1369. En el año 1361 Pedro IV mandó realizar obras en la ciudadela para resistir el ataque castellano.
Desde 1414 perteneció a la Comunidad de aldeas de Daroca, en la sesma de Río de Jiloca. Su historia estará ligada desde entonces a la Comunidad. Varios municipios de las actuales provincias de Teruel y Zaragoza dependieron de la villa de Daroca desde 1120, pero en 1248 el rey Jaime I, creó la Comunidad de aldeas de Daroca, excluyéndose ésta de la comunidad. Las aldeas pasaban a ser administradas de forma autónoma por ellas mismas, aunque judicialmente dependieran de Daroca. Para organizarse se estableció una nueva organización, las sesmas, que eran una entidad administrativa intermedia entre la comunidad y la aldea.
Administrativamente, Fuentes Claras ha pertenecido, de forma sucesiva, a la sobrecullida de Daroca (1488-1495), a la vereda de Daroca (1646) y al corregimiento de Daroca (1711-1833). Se constituye como Ayuntamiento en 1834 y forma parte del partido judicial de Calamocha.

Evolución de la población en la localidad
  • Heráldica
  • 2004: 571 habitantes.
  • 2001: 625 habitantes.
  • 1996: 689 habitantes.
  • 1991: 742 habitantes.

Decreto 190/1993, de 3 de noviembre, de la Diputación General de Aragón, por el que se autoriza al Ayuntamiento de Fuentes Claras, de la provincia de Teruel, para adoptar su escudo heráldico y bandera municipales. El Ayuntamiento de Fuentes Claras, de la provincia de Teruel, inició expediente para la adopción de su escudo heráldico y bandera municipales conforme al artículo 22.2.b) de la Ley 7/1985, de 2 de abril, Regulador a de las Bases de Régimen local; artículos 186, 187 y 188 del Reglamento de Organización, Funcionamiento y Régimen Jurídico de las Entidades Locales y Decreto 1/1992, de 21 de enero, de la Diputación General de Aragón, por el que se regula el procedimiento de rehabilitación, modificación o adopción de escudos, banderas y otros símbolos de los Municipios y demás Entidades locales de la Comunidad Autónoma de Aragón. El trámite procedimental se sustanció con arreglo a las normas establecidas en el Reglamento de Organización, Funcionamiento y Régimen Jurídico de las Entidades Locales y el Decreto 1/1992, de 21 de enero citado, figurando el informe favorable del Consejo Asesor de Heráldica y Simbología de Aragón. En su virtud, a propuesta del Consejero de Presidencia y Relaciones Institucionales, y previa deliberación del Consejo de Gobierno de la Diputación General de Aragón en su reunión del día 3 de noviembre de 1993,

Dispongo:

Artículo único.–Se autoriza al Ayuntamiento de Fuentes Claras, de la provincia de Teruel, para adoptar su escudo heráldico y bandera municipales, que quedarán organizados de la forma siguiente:

El escudo:
cuadrilongo con base circular. En campo de gules (rojo), co n una fuente de oro (2 caños de azur sobre ondas de azur y plata) cargada de una olma, de sinople (verde), con las raíces de azur, cargada, a su vez, en el tronco, de la cifra 1663 , de oro, y brochante una cinta con el Señal Real de Aragón, cargada con la leyenda Fontes Clarae, de sable (negro). Al timbre, Corona Real Abierta.
La bandera:
en un paño cuyas proporciones son de una longitud equivalente a tres medios de anchura; el espacio se distribuye en tres fajas: La primera roja, y la tercera amarilla, de igual anchura (8/36 cada una); la segunda o intermedia, de color azul (de ancho 20/36), en la cual se colocan sus armas principales: Una fuente de oro (2 caños de azur sobre ondas de azur y plata) situada en el centro de la bandera (inscrita en un rectángulo de 16/36 de alto por 14/54 de ancho), cargada de una olma, de sinople, con las raíces de azur, cargada a su vez, en el tronco, de la cifra 1663 , de oro, y brochante una cinta con el Señal Real de Aragón, en la que se refleja la leyenda Font es Clarae, de sable.
Dado en Zaragoza, a tres de noviembre de mil novecientos noventa y tres .